<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;" id="internal-source-marker_0.5886337945756026">June 4, 2011</span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Work done this week:</span><br>

<span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">One

 of the major issues of this project is to include an eigen solver 

library that can handle very large sparse matrix. On the previous week, 

we tried it with <a href="http://eigen.tuxfamily.org/dox/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 153); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: underline; vertical-align: baseline;">Eigen3</a><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">.

 This is a good C++ written library with modular design. It has a Sparse

 Matrix module too. But after started working on that, It seemed to me 

that the Sparse Matrix module of Eigen3 can’t be attached with the 

EigenSolver module of Eigen3. Later, me and my mentor(elubie) confirmed 

this fact by talking the Eigen devs in the irc channel. They also let us

 know that Sparse Matrix module of Eigen3 is not officially supported 

yet.</span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">This

 was the start of the confusion. Then we started looking for the 

alternative libraries. The requirements were - it must have to be 

written in C/C++ and should be able to calculate eigenspace of large 

sparse matrix. Having a clean, smart  api to call the functions from C 

will be an added bonus. Till now, we have looked for 3 libraries. </span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">The first one was the C implementation of <a href="http://www.caam.rice.edu/software/ARPACK/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 153); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: underline; vertical-align: baseline;">ARPACK</a><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"> that is used by the software <a href="https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=1465"><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 153); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: underline; vertical-align: baseline;">Graphite</a><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">.

 The codes under src/packages/third_party/numeric_stuff of Graphite 

software contains an C implementation of ARPACK but in my eyes the codes

 of this folder is not enough, to use those one need to access some 

functions residing at higher level of the source hierarchy which has 

many dependencies which are very much specific to Graphite software. </span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">After

 that, we looked for CARPACK which is an C implementation of ARPACK . I 

also noticed that Graphite uses a customized version of CARPACK. This is

 the</span><a href="http://people.kyb.tuebingen.mpg.de/suvrit/work/progs/carpack.tar.gz"><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 153); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: underline; vertical-align: baseline;">link</span></a><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"> of the source of CARPACK. But this some problems too.</span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"> <span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Last of all, we have looked for a very small library named <a href="http://www.mediafire.com/?c7s13xi3c44o3bk"><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 153); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: underline; vertical-align: baseline;">lanczospackage</a><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">.

 This has support only one algorithm to calculate eigenspace (Lanczos 

Algorithm). The workflow of using the library is not clean by any means.

 And we are not sure that whether it will reliable to include such a 

library.</span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">So,

 after all that we decided to postpone the decision about selecting the 

eigen library until we have the basic algorithm implemented with dense 

matrices of Eigen3 library to allow a bit more time to get to know these

 libraries.</span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">So

 far, a dummy implementation of Laplacian Matrix from dual graph and 

Calculation of Eigen Space for that Laplacian Matrix is done. Currently 

the Dense module of Eigen3 is used for Eigen related calculations. This 

will be changed later.</span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Plan for the next week:</span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Continue the implementation of the basic algorithm using the dense matrix module of the Eigen3 library.</span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Issues that require extra attention:</span><br>

<span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Already discussed about it in the first section.</span><br>

<span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br><span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br>

<span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">That’s all for this week, Thanks.</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;"></span><br clear="all">

<br><br><span style="font-size: 14pt; font-family: Georgia; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none; vertical-align: baseline;">Shuvro</span><br><br>